Formación del ejército

Desde Pativilca Bolívar empieza las acciones para aumentar el Ejército Unido Libertador del Perú. Nombra como jefes principales del ejército unido a los generales grancolombianos Sucre, Córdova y Lara. Ningún peruano formó parte del estado mayor siendo que sólo el general José de La Mar estuvo a cargo de la rama peruana del éjercito. Ello se debía a que el Libertador no sentía aprecio por los peruanos tal como se muestran en diversas cartas que envió.
Hiram Paulding , un marino inglés escribió en sus notas de la bitácora que supuestamente Bolívar le refirió sobre los peruanos "eran unos cobardes y que, como pueblo, no tenían una sola virtud varonil. En suma sus denuestos fueron ásperos y sin reserva ... Luego me dijeron que siempre solía hablar así de los peruanos", pero en recientes aclaraciones se ha dejado entrever que estas aseveraciones tuvieron origen ante la lentitud y demora de los peruanos al reaccionar por su emancipación, pero ésta aseveración cae en total contradicción con la gallardía demostrada en la batalla naval de El Callao, como hecho final que encumbró a la recién creada nación peruana como una república.[20]
Bolívar escribió instrucciones precisas sobre todo lo referido a la arma del ejército, en sus cartas incluyó instrucciones desde cómo hacer las correas y cómo herrar los caballos. Así ordenó que los jefes militares tomaran del norte peruano los recursos necesarios, la mayoría fueron obtenidos mediante amenaza y otros fueron simplemente arrebatados de sus dueños. La orden de Bolívar respecto a utilizar la riqueza que hubiere en las iglesias dio lugar a abusos y saqueos por parte de los jefes militares grancolombianos.
Durante todo ese tiempo, la guerra se desarrollaba en el mar. El Almirante Martin George Guisse, jefe de la escuadra peruana, destruyó los barcos de guerra españoles que asediaban las costas peruanas, permitiendo que lleguen pertrechos y refuerzos desde Colombia y asediando constantemente la fuerza realista de España en Perú; acantonada en el Callao bajo el mando de José Rodil.
El 2 de agosto, en la localidad pasqueña de Rancas, Bolívar pasa revista al ejército que logró armar y que contaba 12.000 hombres listos para acometer al ejército del virreinato del Perú, que desde principios de 1824 había quedado paralizado por la Rebelión de Olañeta. El 6 de agosto se dio la batalla de Junín donde la caballería del ejército realista fue derrotada por primera vez en el Perú. El 9 de diciembre de ese año se pone fin al virreinato del Perú mediante la victoria en Ayacucho